得一笔奖学金资助，张一鹏（刘德华）获得去法国留学深造的机会，学成归国后，他被任命为上海市禁烟（鸦片）行动的第一专员。张在法经西方文化与价值观熏陶，十分书生意气，刚携妻子（陈少霞）来到上海，便展开一系列动作，不知中国与西方国家国情有别，难有健全的法律体系及社会秩序：警察署长倪坤（顾宝明）和大毒枭戴济民（刘松仁）是拜把兄弟，两人一起控制着包括贩卖鸦片在内的上海所有的非法交易，见数次向张行贿无果，他们发毒誓要让张生不如死。
故事发生在二十世纪三十年代的民国，山西一个偏远的小山村。村里的保长为了趋炎附势，把自己的女儿嫁给了县长的儿子，并从女儿口中辗转得知了一条旱涝保收的消息：在村里建个“李忆莲祠堂”，就可以获得县里拨发的巨额救济粮和银元。虽然不太明白县里的意思，但是贪财的保长立马勾搭了村里的族长，开始筹谋这桩买卖。
影片背景设置在11世纪的波斯，一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身体，加入了伊斯巴罕一所只招收犹太人的医学院。他治随的老师名叫阿维森纳，是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种，最著名的有《哲学、科学大全》，在当时是高水平的百科全书；另一部巨著是《医典》，直到17世纪西方国家还视为医学经典，至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构，展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。
