随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
这是一个关于你自身的故事。你体内的故事——。人的细胞数量，约为37兆2千亿个。细胞们在名为身体的世界中，今天也精神满满、无休无眠地在工作着。运送着氧气的红细胞，与细菌战斗的白细胞……！这里，有着细胞们不为人知的故事。
传说中可实现持有者一切愿望的宝物——圣杯。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯戦争。 参加圣杯戦争的7名由圣杯选出的魔术师被称为御主（マスター，英文Master），与7名被称为从者（サーヴァント，英文Servant）的使魔订定契约。他们是由圣杯选择的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来。 圣杯承认的使用者只有一个，御主（Master）一定得与七种职业的从者（Servant）之一立下契约，证明自己是有资格拥有圣杯的人。
故事发生在一个名为NewWorld Online的大型多人在线虚拟现实游戏中，在友人的推荐之下，从来没有玩过游戏的菜鸟少女梅普露（本渡枫 配音）第一次踏入了游戏世界之中。因为缺乏游戏常识，在最初的技能点分配中，梅普露将所有的技能点都点在了防御上，因此在误打误撞之中成为了无论怎样的攻击也无法给她造成伤害的“肉盾”型角色。 在好友白峰理沙（野口瑠璃子 配音）的陪伴下，梅普露展开了自己的旅程。没有攻击力的梅普露很快就发现，自己在这个世界中，哪怕是一只等级为1的兔子都无法杀死，可同样的，因为她超群的防御力，等级比她高很多的敌人亦无法伤害到她分毫，这样的梅普露意外的成为了队伍之中不可或缺的重要存在。
