随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
动画作品《Little Busters! EX》是Key社出品的游戏《Little Busters!》第三度动画化的作品，前两作分别是《Little Busters!》和《Little Busters! ～Refrain～》。动画将涉及原作游戏的追加版《Little Busters! Ecstasy》（リトルバスターズ! エクスタシー）中的剧情。
来自HAPPY星的外星人章鱼哔，目的是在地球散播 HAPPY 。然而出师不利，一来到地球他就差点饿死，此时救了他一命的是平凡的少女小静。然而章鱼哔发现，小静却始终没有笑容。为了让小静找回遗失的笑容，章鱼哔努力奔走，然而小静所处的环境却是远超乎章鱼哔所能想象的严苛，在这样的情况下，章鱼哔究竟犯下了什么样的大罪……？
