故事发生在一个依靠着音乐才赖以生存的地方都市之中，音羽歌苗（小松未可子 配音）是一位平凡的高中一年级学生，本来出生在显赫世家的千金大小姐，却因为父母的不断挥霍而不得不早于同龄人许多步，开始思考起自己未来的生计问题。一天，歌苗的面前忽然出现了两名可疑的男子，让歌苗没有想到的是，这两个人，是大名鼎鼎的音乐家贝多芬（杉田智和 配音）和莫扎特（梶裕贵 配音）。　　在两人所组成的乐队Classicaloid演奏时，产生了奇妙的力量，让整个城市都陷入了沸腾之中。之后，肖邦（鸟海浩辅 配音）、李斯特（能登麻美子 配音）、舒伯特（前野智昭 配音）和瓦格纳（松冈祯丞 配音）等音乐奇才纷纷现身。

永远的“6时59分”开始了——　　在佑河家有着代代相传的止界术使用止界术，能够进入森罗万象尽数停止的“止界”。某天，主人公树里的外甥和哥哥，被诱拐犯绑架了。她为了救出他们而不得已使用了“止界术”，却遭到不应存在于那里的、除自己以外的“会动的”人类袭击。他们是尊崇止界术的“真纯实爱会”。围绕着使用止界术时所必需的“石头”，止界之谜、佑河家之谜逐渐浮出水面……

沐浴后能致死的剧毒之雨“Blue Cyst”所导致的大灾难“新月之泪”。在那之后经过100多年的时间，人类终于开始走上了克服这一灾难的道路。在荒废世界的村落“Nest”中坚强生活的人们身边，发现了搭载类双对思考型AI的类人“梅加斯”的身影。 　　时间是公元2242年，失去记忆而沉睡的梅加斯，迎来了觉醒的时刻一-

住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。　　之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。　　古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。　　虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。　　然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。

喜好Cosplayer，黑魔术代理店兼灵异能力者，爱耍花招但却激萌的nico动画系的占卜师，超级眼镜系的自称超能力者灵异系同人漫画家的大姐姐，憧憬着成为某动画角色的御宅族，感觉不好的大叫的夸大妄想者，将科学无法说明的东西全部否定的超高中级科学家，超级奇怪的杂志《ムムー》的记者，然后还有不可或缺的主人公——作为2ch引用系的博主。他们身边小小的违和感的事情逐渐发展成了超出想象的大事件……

30名男女出于兴趣而参加了一个可疑的巴士旅游。旅游的目的地是名为纳鸣村的、无法确定其存在的奇幻村庄。根据都市传说，“纳鸣村”里面可以让人享受如同乌托邦一样的生活。　　对于现实的世界绝望……想要从无聊的日常中脱身……想要人生重新来过……这30个人带着各自的思绪和心灵创伤，坐着巴士进入了深山之中……　　而当他们来到目的地后，发现这儿是已经腐朽、稍微有一点点人气的无人部落。那么追逐着30人的、“纳鸣村”的真相是？不要错过任何一集！这种一个谜团接一个谜团的展开