革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间化险为夷，将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募到W Zero部队。在另一边的帝国内，信·修加·夏音度（松风雅也 配音）成功篡位，被封为圣米迦勒骑士团的团长，即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感，时刻密切监视着他们。不久，联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往，等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……

帝光中学篮球队，其辉煌的历史中，同时拥有五位被说十年才出现一位天才的“奇迹世代”。即使是升上高中的现在，对他们的称赞依旧不变持续被叫着。 　　逼近他们实力并发挥力量的正是诚凛高中的王牌，火神大我。那个天赋的才能因比赛不断增加光辉更加热情，正是诚凛的“光”，然而火神是“光”的话，“影”就是支持团队跃进不会动摇的意志。诚凛高中，黑子哲也。 　　实现了冬季选拔赛出赛的诚凛乘着气势，击败拥有青峰的桐皇学园，和拥有紫原的阳泉。终于进行到准决赛……！

　　幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。                                    
                               　　在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。                                    
                               　　这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。                                    
                               　　某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，                                    
                               　　理树则开始了寻找成员的任务。                                    
                               　　在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。                                    
                               　　和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。                                    
                               　　经历了许多快乐的事情，                                    
                               　　同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。                                    
                               　　最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。                                    
                               　　——然而，这并不是结束。                                    
                               　　和来谷唯湖之间的故事。                                    
                               　　理树与铃的故事。                                    
                               　　以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。                                    
                               　　Little Busters真正的物语，自此开始——。                         

故事发生在云集着优雅大小姐的私立贵族学校藤崎女子中学，人称“野性的丽人”的仓桥莉子（沼仓爱美 配音）有着男孩子般狂野以及正义感十足的个性，某一天不小心撞破了学生会会长真木夏绪（赤崎千夏 配音）的秘密。这个长得漂亮、头脑聪明的会长“藤姬大人”，不仅是老师的得力助手，还是众人憧憬的对象，实际上她却在学生会室里日以继夜地进行“恋爱研究”！因为被真木拜托，莉子当上了学生会会长助理，每天和真木进行恋爱研究与实践。个性过于害羞经常躲起来、因此成为妖精般的存在的学生会书记棚桥铃音（水濑祈 配音）也加入了她们。　　学生会原会长榎本结子（佐仓绫音 配音）和原会计水嶋沙依理（大地叶 配音）化解了与真木她们的矛盾后，也加入了“恋爱研究所”。五名个性迥异的少女，就此展开了恋爱研究活动！