西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国，为了挽救母星的危亡，开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败，同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。

2095年10月31日。未观测的战略级魔法，将朝鲜半岛南端的军事都市及舰队消灭了。自从被称作《灼热的万圣节》的那一天开始，世界因新的战略级魔法师登场而震撼。其中拥有「世界最强的魔法部队」STARS的北美利坚合众国（USNA）感觉到日益强烈的危机感，为了揭露未观测的战略级魔法以及使用这一魔法的魔法师的真面目，而积极地在暗中行动。约两个月后的12月24日。就在整座城市因圣诞节的饰品和灯饰而变得热闹非凡之际，达也等人为了给准备前往美国交换留学的雫饯行，而聚集在艾尼布利榭。雫前往美国的期间是三个月。根据雫所说，和她交换来到第一高校的，是和她同龄的女孩子。与此同时，在USNA的STARS基地，一名少女正准备前往第一高校展开潜入调查。她的名字是安洁莉娜·库都·希尔兹。她身为STARS历代最年轻的总队长，是操纵战略级魔法重金属爆散的USNA最强魔法师——。

真道幸路朗是在外务省工作的干练交涉官。在羽田机场，真道所乘坐的客机正准备起飞时，空中出现了神秘的巨大立方体。“那个东西”急速地巨大化，并吞噬了载有252人的客机。巨大立方体的名字是“卡多”。　　从卡多当中现身的神秘存在亚哈库依·扎修尼纳，试图与人类进行接触。被卡多吸收的真道，接受了亚哈库依·扎修尼纳与人类之间的调停任务。另一方面，日本政府也将国际交涉官徭沙罗花作为代表送往现场。亚哈库依·扎修尼纳究竟是什么人？而他的目标又是什么？

3000万年前，黑暗使世界陷入恐惧。 　　最终光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。 　　光之巨人也用尽了全力，在红色的星球上陷入长眠。 　　时光流转，在地球和平同盟TPU紧急组建精英小组“GUTS-SELECT”时，主人公真中剑悟正在刚刚开拓的火星上作为植物学家安稳地生活着。 　　但是有一天，超古代封印的黑暗突然再次来袭，打破了安稳宁静的生活。 　　当火星的街道被怪物破坏时，剑悟被命运引导，和沉睡的光之巨人相遇了。 　　这次相遇会给他和地球带来怎样的影响呢？ 　　跨越时空苏醒的光之巨人，其名为——特利迦奥特曼。

故事背景设定在不远的近未来，地球人的活动空间已触及到茫茫的外太空。故事主人公是一名叫丹迪（诹访部顺一 配音）的宇宙猎人，同时也是有名的花花公子。他和他的搭档——旧型清洁机器人QT（佐武宇绮 配音）一起在宇宙中寻找各种未知的新型外星物种，如果外星人被认定为新品种，那么谁最早发现谁就能获得奖金。在一次追捕中，丹迪和QT遇到一个外形像猫的外星人，丹迪取其名为“喵”（吉野裕行 配音）。从此，丹迪、QT和喵一同在宇宙中到处冒险，并与各种各样的外星人相遇，卷入一场场有趣刺激的故事中。 　　本动画采用了“单元剧”的模式，使得这部动画像是一个舞台，各路人马各显神通。在展示的动画设计图中，有各式各样的外星人，监督表示动画播出时会每周推出一个外星人。