高级警官康Sir遭人杀害，临死前他销毁了所有卧底的资料，以保护这些游走在生死线上的兄弟。在此之后，警方开始着手恢复数据，与卧底们重新取得联系。女卧底阿钉（佘诗曼 饰）某天收到一条康Sir发明的密码，在刑警男友阿Q（吴镇宇 饰）的指挥下，她尝试与这名神秘卧底进行接触。另一方面，某披着合法公司外皮的黑道组织重要成员阿蓝（张家辉 饰）和邵志朗（古天乐 饰）联手袭击了竞争对手。这二人情同手足，在公司少壮派中风头正劲，如日中天。然而警方对他们行动的预判令阿蓝开始怀疑公司有内鬼存在。 经过几番试探，阿钉终于与神秘卧底接头，可是莫大的危险也向她奔涌袭来……
囧探宝爷（刘德华 饰）与侠盗洛家豪（黄晓明 饰）强强联手，与世界恐怖组织抢夺“上帝种子”，所谓“上帝种子”是一种神奇的种子，无论丢在哪里，只需要一点水，就可以迅速长出参天大树。而唯恐天下不乱的恐怖组织居然拿到了这种神奇的“上帝种子”，试图改变甚至掌控这个世界。为了维护世界和平，宝爷和家豪在A梦（王祖蓝 饰）、洛家欣（欧阳娜娜 饰）等人的帮助下，冒险夺宝拯救世界的故事。
