作为实现愿望的代价，在无人知晓的情况下不断战斗的魔法少女们。然而，环伊吕波，却忘记了自己的愿望。“成为魔法少女的时候，我是许了什么愿望来着？”日常当中突然出现的空洞。失去了的某件重要之物。连理由都不知道，就这样每天不停地战斗…… 就在此时，魔法少女之间开始流传某个传闻。“若能去神滨的话，魔法少女就能得到拯救”。魔法少女与传闻集中的城市，神滨市。寻求着自己失去的愿望，环伊吕波的故事开始了——
身为贵族的儿子却埋头于研究魔术和炼金术的少年蒙莫朗西， 在巴黎的王立骑士养成学校，身边聚集着布列塔尼公爵的妹妹里什蒙 等众多的骑士、姬骑士候补，过着慌乱而又充实的每一天。 但，随着阿赞库尔之战的大败，法国与他们的命运彻底改变。 巴黎陷落，骑士养成学校也被关闭， 失去了一切、成为在逃流亡炼金术师的蒙莫朗西， 在逃亡前往的村子里与不可思议的少女贞德相遇了……。
双叶翔太郎（土屋神叶 配音）是一名刚刚升上高中的校园新鲜人，初三那年夏天，因为被苍高男子艺术体操社的表演所吸引，翔太郎选择考入这所学校，并且加入了体操社，在这里，他结识了一群志同道合的伙伴们。 具备高超的实力但总是拒人于千里之外的美里良夜（石川界人 配音）、温柔可靠，课余兴趣是栽培盆栽的副社长筑馆敬助（近藤隆 配音）、社里唯一的正常人女川长吉（下野纮 配音）、外表看上去有点吓人但性格十分细腻善良的亘理光太郎（神谷浩史 配音），和这些可靠的前辈们在一起训练，翔太郎虽然对艺术体操一无所知，但凭借着自己的天赋和努力的汗水，他迅速的成长着。
这座城市住着众多的神，其中心存在着通往地心深处——深渊的“地下城”。城市的名字是迷宫都市欧拉丽。女神赫斯缇雅与冒险者贝尔·克朗尼，一如既往地是主神和仅仅一名眷族的最小构成。但达成了世界最快升级这一伟业的贝尔，开始受到前所未有的的万众瞩目——迷宫中的相遇，以及冒险——这是再次开始编织的，少年所走过的，女神所记录的【眷族物语】
