在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
七年前，凡人太子厉寒一家被七个仙人所杀，奄奄一息之际，他和妹妹厉瑶被传说中的无尽神域所救。七年后，厉寒归来，为了唤醒妹妹，他必须按神域要求不断提升修为守护苍生，与此同时他也誓要找到当年的凶手，报仇雪恨！但事情远比他想象的要复杂，随着真相一点点被揭露，厉寒必须要在报仇和报恩之间做出抉择……
墨白身为修仙门派天机门的大弟子，天赋异禀却不好好修仙，一心只想吃遍天下美食。因缘际会中，墨白与妖怪厨师小黑、师妹星红，三人一起组成美食小队，遍历天下寻找异兽美食，却在这旅途中，无意间发现了当年人妖动乱的秘密……
西岚为了改写魔界那场大战的结局踏上时空之旅，与一心寻找“鬼手”真相的鬼剑士天才结成盟友，共同历经了悲鸣洞穴，暗黑圣战以及天界革命等刻骨铭心的冒险旅程，最终呈现在他们眼前的，究竟是渴求已久的希望，还是更加严峻的挑战？能够改写未来的关键之人，究竟是谁？
