在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
天启元年，机关盛行，新旧党派，争权谋乱。齐南府秀才沈问，擅木工机巧之术，某日在路上无意间卷入一起皇宫秘宝失窃案，由此结识了锦衣卫总旗沐思卿。沈问发现锦衣卫寻找的秘宝竟然是当年导致他满门被灭的六合兽图，六合兽图内有皇朝隐秘，为了寻找灭门仇人以及解开六合兽图的秘密，沈问决定暗中布局混入北镇抚司寻找当年真相。
冷宫长大的三皇子刘凌有个不为人知的秘密，他的眼睛能看见“神仙”！看落魄少年刘凌偶遇从天而降的御姐神仙姚霁，在一群身怀绝技的前朝太妃帮助下，如何开启一场热血浪漫的逆袭成长之旅！来自不同世界的二人感情逐渐升温，却意外卷入一场迷雾重重的宫廷博弈中，神仙的秘密、太妃的谜团逐一揭开……
看书院小队解决朝堂乱局！
古域国丞相家的大小姐千云兮身怀异能，自幼被认为是不祥之人，被迫代嫁进夜王府。王爷夜幽冥见她赤诚善良，使出千层套路傲娇示好，千云兮则觉得王爷不怀好意，遂与其斗智斗勇起来。鸡飞狗跳的同居生活开始了。
镇西侯府小公子百里东君离家出走、闯荡江湖，未曾想卷入是非漩涡，师父古尘身死、家族备受皇室忌惮，江湖的残酷展现在少年的眼前。为了寻找自己的道路、守护重要的人，百里东君随此前结交的北离八公子前往天启城稷下学堂习武。在那里，百里东君与至交好友叶鼎之相识，成为了天下第一李长生的弟子，遇到了很多后来将改变他一生的人物，开启了他的江湖传奇……
