传说每当黑渊现世，就会有一场天道大劫毁灭诸天万界，重启宇宙。少年林飞因筋脉缺陷无法修行，靠着小聪明在问剑宗混吃等死，直到大劫来临，恩师与挚友战死在黑渊才为虚度光阴而追悔莫及。他历经险阻另辟蹊径，习得上古炼器法为师门报仇，与魔头渊皇同归于尽。岂料因为神秘力量的干涉，他又在重启的新纪元中重生。为守护从大劫中被神秘人传承下来的问剑宗，为了相同的惨剧不再上演，林飞决心从一名边缘弟子做起，修万剑之道，集群英之力，破天道大劫，续文明火种。
一场全球性地质灾难使得大陆处于割据状态，由不同的武装集团占领。大陆相对繁荣的萨科城被优人军阀攻占，萨科城北部为北域，西部为西庭，还有其周边五大城市原住民联合组织的五城联军，多方各自为政。由贺将带领的东邦小队与优人正面对抗，引起了多地势力的注意。与此同时，各地冲突不断升级，贺将被迫卷入激烈的斗争中。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
