“我与你一同飞向天空。” 甘粕桧曾根，是最近开始在航空自卫队岐阜基地任职的新人。 过于率直而总是无意识地伤害他人，对此感到疲惫不堪的她，选择成为任期限定的自卫官。 但，命运的邂逅彻底改变了她的人生。 被秘藏在基地中、伪装成战斗机的龙选中了桧曾根，并和她一起飞向天空。 就这样，搭乘“OTF（变态飞翔生命体）”的飞行要员， 成为了桧曾根的工作。 甚至能左右国家命运的龙， 究竟隐藏着怎样的秘密呢……。
动画作品《Little Busters! EX》是Key社出品的游戏《Little Busters!》第三度动画化的作品，前两作分别是《Little Busters!》和《Little Busters! ～Refrain～》。动画将涉及原作游戏的追加版《Little Busters! Ecstasy》（リトルバスターズ! エクスタシー）中的剧情。
来自HAPPY星的外星人章鱼哔，目的是在地球散播 HAPPY 。然而出师不利，一来到地球他就差点饿死，此时救了他一命的是平凡的少女小静。然而章鱼哔发现，小静却始终没有笑容。为了让小静找回遗失的笑容，章鱼哔努力奔走，然而小静所处的环境却是远超乎章鱼哔所能想象的严苛，在这样的情况下，章鱼哔究竟犯下了什么样的大罪……？
