星元122年―― 这是众多企业扩展至宇宙，并构筑了巨大经济圈的时代。 从水星转学到阿斯提卡西亚高等专门学园的斯莱塔·墨丘利，作为米奥莉奈·伦布兰的新郎和高达公司的一员，过着充满邂逅和刺激的学园生活。 奎达工厂事件两周后，斯莱塔在学园里边满心期待着和米奥莉奈的再会边度日。 与此同时，米奥莉奈在贝纳里特集团本部照看着父亲。 向二人袭来的新的困难与迫近的决断。 少女们胸怀各自的感情，面对高达带来的强大诅咒。
高中生佐藤和真（福岛润 配音）喜爱一切和二次元相关的东西，是一名典型的宅男家里蹲，却在百年难得一遇的外出日里遭遇了交通事故不幸命丧黄泉。让佐藤没有想到的是，自己竟然和本应该引导自己投胎转世的女神阿克亚（雨宫天 配音）一同穿越来到了异世界阿克塞尔城，在这里，他们必须依靠自 己的双手创造财富，如此才能够生存下去。 个性火爆的可爱魔法师惠惠（高桥李依 配音）、属性奇怪的千金大小姐达克尼斯（茅野爱衣 配音）、盗贼克丽丝（诹访彩花 配音）、经营着魔道具小店却毫无经商头脑的维兹（堀江由衣 配音），在曾经的世界里一个朋友都没有的佐藤，在这里获得了珍贵的友谊。
在科技高度发达的未来世界，繁华堕落的马杜克市，醉生梦死，纸醉金迷。受万千宠爱、养尊处优的美丽少女露恩•芭洛特（林原惠美 配音），虽然从赌场经营者榭尔（中井和哉 配音）那里得到一切，但却抑制不住想要探寻自己真实身份的渴望。她的念头似乎触怒了专横的榭尔，因此惹来杀身之祸。危急之时，芭洛特得到犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人 配音）的救助，并在马杜克紧急法令09的庇护和允许下，拥有了法令禁止的特殊能力。乌夫库克希望借助少女之手，揭露榭尔一系列的罪行。对她来说，这不啻为一次凶险的旅程…… 本片根据冲方丁的科幻小说改编，为“壳中少女”三部曲中的第一部（另两部分别为“燃烧”和“排气”）。
神赐之门“Divine Gate”打开后，常界、天界和魔界3个世界出现交集，带来了交织着欲望和战争的混沌时代。为了令世界恢复和平，一个名为“世界评议会”的组织结成了。而当世界恢复和平后，这个组织就变成了一个都市传说，直到名为“适合者”的少年少女们再次集结，开始探索神赐之门……
