尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……
尼爾是個生在單親家庭的高中男孩，對科幻動漫英雄凡格情有獨鍾的他，因生性內向，在班上苦無朋友，也得不到家人認同。直到尼爾遇上臭味相投且性格剛烈的茱莉亞，兩人一拍即合！在茱莉亞鼓勵下，尼爾鼓起勇氣投稿知名網站，立即引起網 站版主丹尼斯的注意??，他的出現，大大拓展尼爾的視野，卻也衝擊了兩位高中生的情誼。導演克萊雷佛以清新明快的筆觸，刻劃師生代溝、青少年的迷惘，乃至對性向的探索。電影裡逼真的動漫場景，與劇情互為表裡，充分展現了克萊雷佛的世界觀。
地球航天基地捕捉到一组神秘的信号，科学家认为信号来自宇宙其他的文明。为探寻外星文明，舰长“原”驾驶着星际飞船——深空号，带领全船93名船员和智能机器人“柒”驶向宇宙，踏上星辰征途。但不久后，飞船神秘失踪。 150年后，深空号飞船突然出现在地球轨道附近，船上只剩下一名幸存的休眠者， 她是舰长原的恋人“尹”。人类航天部门成立临时委员会，对尹进行调查和询问，“深空号”的惊悚经历徐徐展开。
3位年轻的天文学生的冒险经历，他们在致命的火星人入侵中求生，一路遇到疯狂的牧师和无畏的士兵。
南太平洋1000尺的深海海底，美国政府发现了一艘已有300年历史的神秘太空船。当局立刻组成了一队由心理学家诺曼·古德曼（达斯汀·霍夫曼 Dustin Hoffman饰）、生物化学家贝丝·哈波琳（莎朗·斯通 Sharon Stone饰）和数学家哈瑞·亚当斯（塞缪尔·杰克逊 Samuel L. Jackson饰）这三位顶尖科学家组成的科学小组前往当地调查。他们利用高科技的实验艇深入海底进行探测。然而船体内部的一个巨大而怪异的球状体，拥有着洞悉每个人的内心世界的强大魔力，它似乎能控制每个人的思想和行为。更糟的是，一个不明海底生物也向实验艇发起了攻击。 由美国著名导演、编剧巴瑞·莱文森执导的科幻悬疑电影《深海圆疑》，改编自迈克尔·克莱顿于1987年出版的同名小说。本片巨星云集，达斯汀·霍夫曼、莎朗·斯通 、塞缪尔·杰克逊等大牌明星联袂演出这部惊悚科幻影片。
上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
